Innerhalb des geplanten Abbaugebietes befinden sich mehrere Feuchtgebiete, wie zum Beispiel der Zollhausteich. Dieser ist zwar nicht gesetzlich geschützt, wird als Naherholungsgebiet aber gerne auch als „Grüne Oase“ bezeichnet. Laut brandenburgischem Naturschutzgesetz geschützt sind dagegen die bewaldeten Binnendünen zwischen Proschim und Welzow, die noch dazu als Naturdenkmal ausgewiesen wurden. Aufgrund dessen ist eine Zerstörung oder Beeinträchtigung unzulässig. Auch eine indirekte Beeinflussung des Koselmühlenfließes, welches zum Teil als Naturschutzgebiet und FFH-Gebiet geschützt ist, ist nicht auszuschließen. Dessen Quellflüsse entspringen nämlich nördlich von Welzow und könnten durch eine Grundwasserabsenkung trocken fallen.
Des weiteren wird die Domsdorf-Radensdorfer Senke vermutlich durch die Grundwasserabsenkung beeinträchtigt, welche jedoch ausdrücklich als Rückzugsgebiet für die Organismen während der bergmännischen Inanspruchnahme dienen soll. Außerdem stellt sie einen Teil des Biotopverbundes zwischen dem Spreewald und dem Tagebaugebiet dar.
Das naturschutzfachliche Hauptaugenmerk liegt in diesem Bereich jedoch auf dem „Weißen Berg“ bei Bahnsdorf. Da er nicht sehr hoch ist, ist er vom Boden aus nicht leicht zu finden. Auf Luftbildern erkennt man allerdings inmitten von ausgedehnten Waldflächen ein paar weiße Flecken, nach denen der Berg offensichtlich benannt ist. Bei näherer Betrachtung stellt man fest, dass es sich hierbei um nahezu vegetationsfreie Flächen handelt. Nur hier und da wächst ein Exemplar der Sand-Silberscharte (Jurinea cyanoides), einer extrem gefährdeten Distelart.
Aufgrund ihrer Seltenheit wurde die Sand-Silberscharte als prioritäre Art – also mit europaweit besonderer Bedeutung – in die „Flora-Fauna-Habitat- Richtlinie“ (FFH-Richtlinie) der EU aufgenommen. Daher sollte eine Beeinträchtigung oder Vernichtung von Populationen dieser Art unbedingt vermieden werden. In ganz Brandenburg konnte sie nur auf dem Weißen Berg bei Bahnsdorf gefunden werden. Diese Pflanze ist deshalb so selten, weil sie sehr konkurrenz-schwach ist. Das bedeutet, dass sie sich bei verstärktem Gras- oder Baumbewuchs nicht mehr behaupten kann. Daher sind für ihren Erhalt aufwändige Pflegemaßnahmen in Form von Beseitigung des Baumbewuchses und Abplacken des Oberbodens nötig. Solche Maßnahmen wurden von der Unteren Naturschutzbehörde in Calau in Auftrag gegeben und unter anderem im Spätsommer 2008 von 1-Euro-Kräften ausgeführt.
Neben der Sand-Silberscharte haben sich auch mehrere gefährdete Tierarten auf dem Weißen Berg eingenistet, so zum Beispiel die Kreuzotter, die Glattnatter und vier verschiedene Fledermausarten. Mittlerweile ist dieses Gebiet als Naturdenkmal und FFH-Gebiet geschützt und außerdem läuft ein Verfahren zur Festsetzung als Naturschutzgebiet. Trotz alledem plant Vattenfall, den Berg durch eine Dichtwand zu zerschneiden, die den Abstrom von Wasser aus der südlich angrenzenden Lausitzer Seenkette verhindern soll. Theoretisch könnte man die wenigen Exemplare der Pflanze auch umpflanzen, in der Praxis sind Versuche dazu vermutlich aufgrund des sehr weiträumig ausgebildeten Wurzelsystems gescheitert.
