Ammoniak besteht aus Stickstoff und Wasserstoff und ist ein stechend riechendes, farbloses, wasserlösliches und giftiges Gas, das unter anderem bei der Zersetzung von Eiweiß oder Harnstoff aus den Exkrementen der Tiere entsteht. Da die protein- bzw. fettreichen Futtermittel einen besonders hohen Stickstoffgehalt aufweisen, ist der Ausstoß stickstoffhaltiger Verbindungen über die Gülle etc. entsprechend hoch. Auch bei der Ausbringung von Mineraldüngern kann bis zu 20 Prozent der enthaltenen Stickstoffmenge als Ammoniak entweichen.
Die hohen Ammoniakemissionen haben verschiedene Auswirkungen. Zum einen kommt es zu einer Versauerung der Böden, da Ammoniak mit Sauerstoff zu Nitrit bzw. Nitrat reagiert. Dadurch werden die Bodenlebewesen sowie die Bodenstruktur geschädigt und wertvolle Kationen (z.B. Ca+, Mg+ und K+) und Nährstoffe ausgewaschen. Auch Schwermetalle werden mobilisiert und gelangen so teilweise ins Trinkwasser.
Ein weiteres Problem ist die Nährstoffanreicherung bzw. Eutrophierung. Die Überdüngung mit Stickstoff führt nämlich dazu, dass stickstoffliebende Arten gefördert werden und andere Pflanzen regelrecht überwuchern. Viele Arten der Roten Liste sind jedoch ausgerechnet auf mageren Standorten heimisch, die nur sehr geringe Stickstoffeinträge vertragen.
Letztenendes wird auch die Vegetation direkt durch Ammoniak geschädigt. Insbesondere Waldbäume "kämmen" die Schadstoffe mit ihren Nadeln oder Blättern aus der Luft, was zu Störungen im Zellstoffwechsel führt. Erkennbar wird dies an einem frühzeitigen Vergilben der Blätter, im Extremfall kann jedoch die gesamte Pflanze absterben.
