Die Intensivierung der Landwirtschaft ist eine der Hauptursachen für den Rückgang der Artenvielfalt. Immer mehr Hecken, Ackerrandstreifen oder Feuchtbiotope verschwinden aus der Landschaft und somit auch die für sie typischen Lebewesen. So ist zum Beispiel der ehemals weit verbreitete Feldhamster mittlerweile europaweit vom Aussterben bedroht.

Zusätzlich zur direkten Lebensraumzerstörung wird die Biodiversität durch übermäßigen Nährstoffeintrag (siehe Folgen der Ammoniakemissionen) und Pestizide beeinträchtigt.

Dazu kommt, dass es in der landwirtschaftlichen Produktion selbst nur noch eine begrenzte Anzahl an Pflanzensorten und Tierrassen gibt, die genetische Vielfalt der Nutztiere nimmt also ebenfalls ab.