Die wertvollen Überreste der Moore liegen heute oft in Schutzgebieten. Für sie wurden Natura-2000-Schutzgebiete ausgewiesen. Dennoch musste die Bundesregierung Ende 2007 feststellen, dass sich die Moore in den NATURA-2000-Gebieten in schlechtem oder unzureichendem Zustand befanden. Deshalb sind in vielen Mooren Maßnahmen zur Verbesserung ihres Zustands notwendig.
Erfolgreiche Moorschutzmaßnahmen wie Wiedervernässungen, stellen die Bedingungen wieder her, die zur Torfbildung notwendig sind. Die Voraussetzung dafür sind oberflächennahe Wasserstände und ein langzeitiger Wasserüberschuss im Moor. Zur Stabilisierung des Wasserhaushalts in degradierten Mooren ist deshalb meist ein Rückbau der Entwässerungsgräben und ein Anstau des Wassers im Gebiet notwendig.
Begleitend zur Unterstützung von Wiedervernässungsmaßnahmen sind Pflegemaßnahmen im Einzugsgebiet und in einer umgebenden Pufferzone sinnvoll. Dazu zählen beispielsweise die Entfernung von Baumbewuchs (Entkusseln, Entbuschen) auf wiedervernässten oder ehemaligen Moorstandorten, sowie der Waldumbau im Wassereinzugsgebiet hin zu grundwasserbildenden Baumarten.
